С 1906 года стажировался на зоологических станциях Западной Европы в Ровиньо и Виллафранке. Последняя станция была основана российскими исследователями, и Б.А. Сварчевский даже получил назначение на должность помощника директора. Однако он предпочел принять должность профессора зоологии в Омском сельскохозяйственном институте. А в 1919 году получил приглашение на работу в только что созданный Иркутский государственный университет.
Сварчевский сразу же приступил к работе в должности декана нового физико-математического факультета. Там он организовал кабинет (кафедру) зоологии беспозвоночных, лабораторию, учебный практикум и зоологический музей, который сейчас носит его имя.
В 1923 году для исследований Байкала в ИГУ создается биолого-географический научно-исследовательский институт (БГНИИ). Борис Александрович становится его первым директором и руководит им с небольшим перерывом до конца жизни, организует и направляет деятельность Байкальской биологической станции в пос. Большие Коты. Сам он занялся простейшими Байкала и опроверг утверждение о бедности озера этой группой, выявил большое количество видов-комменсалов («наездников»), живущих на байкальских бокоплавах.
Судя по всему, готовил он и большую монографическую работу о бокоплавах Байкала, которая, к сожалению, не сохранилась.
Б.А. Сварчевский был эрудированным и интеллигентным человеком «классической» русской школы, подготовил плеяду учеников, опубликовал 38 фундаментальных работ о губках Чёрного, Белого и Баренцева морей, озера Байкал. Один из родов эндемичных байкальских губок назван в его честь (Swartschewskia). Для учебных занятий он собственноручно нарисовал множество великолепных таблиц по зоологии, которые использовались вплоть до прихода в учебный процесс компьютерных презентаций.
К сожалению, сохранилось крайне мало фотографических изображений этого удивительного человека, организатора биологического и физико-математического направлений в ИГУ.