С самого начала учебного и научного процесса для факультета был характерен широкий спектр исторических, филологических и философских дисциплин. План преподавания на всех отделениях факультета предполагал блок пропедевтических (пропедевтика – введение в науку), основных и вспомогательных дисциплин, а также серьезный блок практических занятий, обязательное изучение древних (латынь и греческий) и новых (английский, французский и немецкий) языков.

Так, студенты и слушатели исторического отделения изучали из пропедевтики: введение в философию и языкознание, психологию, общую теорию права. Основные дисциплины включали в себя историю первобытной культуры (доц. Б.Э. Петри), историю древнего Востока (доц. И.Г. Франк-Каменецкий), историю Рима (проф. В.П. Доманжо), курсы Русской истории и истории Сибири (проф. В.И. Огородников), история древней философии (проф. М.М. Рубинштейн), замыкал этот блок курс «Латинский автор» (прив.-доц. Г.Г. Генкель). К вспомогательным предметам относились не менее интересные: история семитских религий, православное богословие, история буддизма, история русской литературы. Проводились практические занятия и семинарии по истории средних веков, истории Сибири, истории смутного времени, изучению мемуаров XVIII века, древнеегипетских иероглифов, отдельно разбирались многие философские и исторические труды предшественников.

Венчала учебный процесс языковая подготовка, и это было общее требование для всех отделений факультета. Студенты должны были усвоить элементарные курсы латинского и греческого языка и продемонстрировать владение ими при работе с текстами рукописей и книг, а также овладеть одним из трех новых языков: английским, французским и немецким на выбор. Весьма показательно, что новые языки давали студентам их национальные носители. Например, французский читал маркиз де Совиль, немецкий – И.О. Гальм, английский – Г.Э. Уиттик.

Своя специфика в обучении была у студентов восточного и славяно-русского отделений историко-филологического факультета. Первые более углубленно изучали историю Востока, буддизм, совершенствовались в санскрите и монголо-бурятском языках. Вторые детально разбирали грамматику греческого и славянских языков, осваивали старославянский, историю русской литературы и диалектологию. Встречались студенты разных отделений и даже факультетов на некоторых общих лекториях и курсах иностранных языков.