Одним из самых сложных вопросов, стоявших перед молодым университетом, был вопрос финансирования. Если все императорские университеты находились на полном государственном содержании, то Иркутский государственный университет оказался в сложнейшем положении.
Начавшаяся Гражданская война не только расколола российское общество, но и спровоцировала фактический крах финансовой системы. Центральная власть в этих условиях не могла и не хотела брать на себя финансирование молодого вуза. И вновь на помощь университету пришло иркутское общество.
В фондах Государственного архива Российской Федерации хранится смета доходов Иркутского государственного университета на 1918-1919 учебный год. Один листок пожелтевшей бумаги вместо современных толстых бухгалтерских гроссбухов.